愛琴海航空(英文：Aegean Airlines)由成立于1987年，當時稱愛琴海航空(英文：Aegean Aviation)。.，航空公司初時是提供VIP/商服空中服務和空中救護車服務。在1992年2月17日，航空公司成為第一家航空公司將與希臘獨立民 航營運牌照。然后就初Vasilakis組購買了于1994年，航空公司使用里爾噴射機來提供VIP服務。在1999年5月尾，航空公司正式提供定期客運 服務。

在首班商業航班，是由雅典往伊拉克利翁，克里特往塞薩洛尼基，馬其頓，由 2架新的BAe 146飛行。在1999年，收購了希臘航空。之后在2001年3月，合并愛琴海航空和Cronus航空。在2005年，航空公司與德國漢莎航空合伙，提供 Miles & More。在2006年3月，航空公司又與TAP葡萄牙航空，有一個合作協議。在2008年12月，航空公司宣布與布魯塞爾航空合作。

航空公司是由Laskaridis組 (25.3%)，Vassilakis組(45.2%)，B Konstantakopoulos (8.3%), D Ioannou (8.1%), G David (6.3%) and Piraeus Bank (5.9%)擁有。在2009年，航空公司有2,300位職員。